Desa Kempo memiliki sejarah panjang yang berakar dari perjalanan leluhur masyarakat Manggarai yang menetap dan membangun peradaban di wilayah bagian barat Pulau Flores. Nama “Kempo” diyakini berasal dari kata dalam bahasa lokal yang mengandung makna kedamaian atau tempat perhentian, mencerminkan harapan masyarakat dahulu untuk hidup tenteram dan sejahtera.
Awalnya, wilayah Desa Kempo merupakan pemukiman kecil yang dihuni oleh beberapa suku atau klan yang hidup secara mandiri dan berpindah-pindah mengikuti siklus alam. Seiring waktu, pemukiman ini berkembang dan menetap menjadi satu komunitas yang terikat oleh nilai adat, hukum adat (adat gendang), serta hubungan kekeluargaan yang kuat.
Pada masa penjajahan Belanda, wilayah ini mulai dikenali secara administratif dan masuk dalam pembagian wilayah tradisional Manggarai. Setelah Indonesia merdeka, struktur pemerintahan desa mulai terbentuk lebih formal, dan Kempo secara resmi ditetapkan sebagai desa administratif di bawah Kecamatan Mbeliling, Kabupaten Manggarai Barat.
Sejak saat itu, Desa Kempo mengalami perkembangan baik dari sisi pemerintahan, infrastruktur, maupun kehidupan sosial masyarakat. Pembangunan sarana pendidikan, tempat ibadah, serta jalur transportasi menjadi tonggak penting dalam memajukan desa.
Hingga kini, Desa Kempo tetap menjaga nilai-nilai sejarah dan kearifan lokal yang diwariskan oleh leluhur. Tradisi adat, upacara budaya, serta sistem gotong royong terus dilestarikan sebagai identitas desa yang unik dan menjadi bagian penting dalam pengembangan desa, terutama sebagai desa wisata berbasis budaya dan alam.